在武器方面，除了已有的M61六管20mm加特林机关炮外，增加了两个挂架，使得挂架总数达到11个；可携带各种武器8吨；可携带最新的SLAM空地导弹改进型、JDAM、JSOW等。下图为携带“鱼叉”的F-18战斗机。
SLAM及其改型SLAM-ER是F/A-18当前的对地攻击利器，是在鱼叉弹体基础上发展的对地攻击导弹。该弹曾在海湾战争中创造了后一发弹由前一发弹的穿孔中穿入爆炸的高精度记录。现已有超过300枚SLAM系列投入使用。2002年9月波音公司已完成SLAM-ER的自动目标截获(ATA)能力使用试验与鉴定，使得SLAM-ER更加自动化，命中率提高。ATA试验中，导弹加装了一个任务计算模块，可根据来自导弹红外导引头的信息对目标进行识别，从而将其他一些小目标隔离开来，使导弹飞向所瞄准的目标。此外，该导弹还可以利用来自GPS的信息瞄准目标。波音公司正为美国海军生产该导弹，总数为376枚。预计装有ATA模块的SLAM-ER导弹明年服役，已经服役的早期型号将加装ATA模块。
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此外AGM-88E先进反辐射导弹将被用于F/A-18E/F。该弹还将进一步改装新型发动机，以便使导弹长度缩小，从而能够装在F-35战机的武器舱内部。除此之外，还将进行多方面的改进，使其能由压制敌对防空（SEAD）转变为摧毁敌对防空（DEAD）。该导弹采用AGM-88的弹体，结构上仅改变了头部和控制舱，采用了双模式制导头和“快销”（QuickBolt）数据链。该双模式制导头中的被动反辐射接受设备的工作频段比AGM-88要宽得多，并增加了毫米波主动雷达制导技术用于末段精确导引，能准确击中关机状态的雷达目标。“快销”（QuickBolt）通讯数据链能从载机之外的传感器获得威胁目标的更多信息，同时直到导弹命中目标之前，都能将目标所处状态发回己方用于战斗毁伤评定。该导弹的中段导引采用全球定位系统/惯性导引系统，从而可避免出现高速反辐射导弹因敌方雷达关机而偏离该雷达目标的问题。此外可编制禁止攻击区域，导弹即可避开这些不允许攻击的区域，减小误伤。
在试飞中已经进行了F/A-18E/F对地攻击作战的试验。试飞科目为向模拟目标投放450千克炸弹。试验中，距目标5千米时，飞行员在飞行控制系统中选择了以左盘旋拉起的投弹方式。随后飞行员通过平显操纵飞机，保持平显上的目标框覆盖在目标上。在即将到达目标上空600米的高度时，操纵飞机进入滚转倒飞状态，继而以4g的过载向目标方向拉起。紧接着借助于平显目标导引系统，以20度俯冲角滚转改平。这时打开驾驶杆上的投弹按钮保险，在大约460米的高度上完成模拟投弹。之后飞机以突防机动飞行方式脱离目标区。整个过程中，飞行员无需忙于从不同显示装置上读取各种不同信息。只需要在攻击前设定好模式，然后注意力就只需要集中在目标、平显和操纵杆这三者上了。而以往的战斗机飞行员要兼顾过多的仪器和操作，如要低头看高度表、拉油门，往往影响攻击的准确性。
而F-18E/F的自卫系统也有大的改善。在攻击后的脱离过程中，飞行员只需要通过油门杆上的拇指开关，就可以操纵机上所有电子对抗系统，并投放箔条和红外干扰弹。试验中也试飞了躲避地空导弹攻击的科目。在发现导弹袭击后，飞行员立即收油门至慢车位置，并施放箔条、红外弹，同时向左急剧压杆，使飞机以6g的过载向左急转。在转过l80°时操纵飞机滚转改平，当表速减小到580千米/小时，再将油门迅速推至军用推力状态，尽快脱离。为了使飞机能尽快脱离战区，往往开全加力。
F-18E/F战斗力比较以往的F-18有了大幅度的提高。但是也引来非议，主要是有人认为应该发展全新的F-22海军型，而不应该下那么大力气去改进那些旧飞机。但美军认为在JSF服役前，很需要F-18E/F填补时间上的空缺，同时其性能足以应付大多数情况下的需要。其本身也有不足之处，如在亚、跨音速段的加速性偏低，最大飞行速度也较小等。
目前F-18E/F计划进展顺利。美海军第-个“超黄蜂”飞行中队--VFA-122中队在美国加州的Lemoore海军飞行基地，接收了首批７架F-18E/F。该中队还将在未来2年中装备多于34架的F-18E/F“超黄蜂”战斗机。这批战斗机刚结束了海军战机测试中心进行的性能评估。实验表明飞机的性能优良，已基本解决了目前发现的所有问题，因而正式装备VFA-122飞行中队，为大规模服役做进-步的飞行训练和测试。VFA-122飞行中队是在今年1月15日成立的，目前共有165人，计划随着飞机的增加，人数也将达到500人左右。海军的目标是到2001年初，VFA-122中队及其F-18E/F战斗机达到-级训练水平。
F-18E/F的改进工作也在不断进行。其中最重要的是EF-18计划，目的在于为F-18E/F增加更强大的电子战能力，担当“野鼬鼠”任务，目前该计划进展顺利。另外英国航天航空公司将为F-18E/F提供定向红外对抗(TADIRCM)系统。目前在美国海军中国湖靶场进行测试。TADIRCM是海军研究实验室主导的一项高级技术演示项目，系统基于使用激光直接干扰导弹红外引导头的原理。该系统包括6个双色红外传感器，一个信号处理器，一个红外激光调制器和两个指示/跟踪器。另外海军在2001年底开始计划为现役F/A-18E/F加装高级目标定位前视红外(ATFLIR)“终结者”系统功能。主要承包商估计为雷声公司。计划于2005年开始装备。
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