F/A-18E/F在飞行迎角为35°时，飞机仍具有良好的操纵性，飞机迎角可控精度在1°以内。飞行控制系统还能自动取消飞行员在大迎角飞行时可能导致飞机失控的错误操作。飞行员还可以使迎角迅速增大到59°、俯仰姿态角增大到45°，此时飞机仍能很好的操纵。这在近距格斗空战中将是十分有用的，也说明美军在下了-番功夫后，也使得自己的战斗机获得了近似Su-27做“普加乔夫眼镜蛇”动作的能力。
该机飞行控制系统还采用了偏航角速度反馈，确保机头的指向始终向前。在45°坡度、偏航角速度为6.25°/秒的极端条件下，飞行员仍可精确控制飞机的航向。要大迎角状恋中改出也比较简单，只要将驾驶杆前推到底，可使飞机很快形成17°/秒的低头角速度，在数秒时间内就可恢复到正常飞行迎角以内。F/A-18E/F的倒飞大迎角状态同样也十分稳定，在试飞过程中顺利地完成了在-1g过载、迎角为-32°的试飞。
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F/A-18E/F还能轻松地在纵向垂直的情况下改出大迎角机动。在旋转机动方面表现也相当好。F/A-18E/F在携带空空作战武器的情况下，其飞控系统限制的最大滚转角速度为225°/秒；而在带外挂副油箱或空地作战武器时，其角速度限制为150°/秒。“空空”情况中，在4770米高度上飞行员分别以450千米/小时、670千米/小时的速度，进行全压杆机动飞行，飞机都能在不到2秒时间内完成360°滚转机动。
和以往相比，基本型的F-18A/B飞机曾因为边条失速使飞机失控坠毁。若E/F在任何飞行状态条件下，其飞行控制系统都能确保完成任何急剧的机动飞行动作，而不必顾忌飞行的表速或迎角条件。这种良好的抗失速能力使得E/F型的格斗性能大大提高。
机动性的改进除了气动性能的改进外，飞行控制系统也必须与之配套。F-18E/F的前座飞行员在低空突防时，主要从平显上读取雷达高度数据，F型的后舱飞行员则通过其左侧的数字式显示器读取。F/A-18E/F在进行低空大表速飞行时，能以150米高度、860千米/小时的表速飞行(这时，对应的燃油流量为5100千克/小时)。在低空突防到达目标之前，飞行员可在任务系统的预先编程中设定到达目标的时间预定值。这时，平显左下角显示经风速修正的飞行速度；同时，还给出能令飞机准时到达目标上空的导航信息。机上的惯导系统还能不间断的依次自动给出各个航路点之间的导航信息。
2004年，波音公司确定由汉尼威尔公司为F/A-18E-F生产新型先进精确导航设备。后者已经为军用航空客户提供了1万多套导航系统。为F/A-18E/F选中H-764嵌入式全球定位系统（GPS）和惯导系统（INS）。该系统可在GPS受到干扰的环境下为军用飞机飞行员提供精确的任务信息。
F/A-18E/F有两种方式增强对飞行员的高度告警。一种是编程控制，利用雷达高度表所提供的信息，当飞行高度低于所设定高度的10％，就会自动发出告警。例如，设定高度为150米，而当实际高度低于135米时，就会发出音响告警信号，并在平显上显示告警信息。另-种是经改进的接地告警系统，该系统同样也能产生告警音响和显示信息，以防飞机撞地。目前F/A-18E/F还只有雷达高度表这种唯-的高度信息源。在陡峭地形环境中，可能无法及时提供恰当的高度告警信息。将来准备利用机上数字式地图和GPS系统补充其高度告警系统，确保在任何地形环境下，也能及时准确的做出高度告警。
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