B-2A上还配有先进的NSS导航系统。该系统内包括两种导航设备，一种是惯性导航单元，一种是NAS-27型天文导航单元，分别为B-2A提供先进的自动导航和传统的星座对位导航方式，互为补充保险。机上的目标瞄准系统采用的是全球定位GPS辅助瞄准系统，显示模式可放大四倍，方便观察瞄准，炸弹击中目标的误差通常小于6米。B-2A还带有型号为APQ-50型的电子对抗系统。该系统既可为飞机提供雷达预警，又能迅速侦悉敌方雷达所处的方位座标。飞机上的ZSR-62型主动式电子对抗系统能够快速、主动地对敌进行干扰和压制。飞机上还有一些其它电子系统，TCN-250塔康系统，VIR-130A自动着陆系统，AN/APR-50雷达告警接收机以及ZSR-63防御辅助设备等。另外还有通信管理系统和驾驶舱内的各种显示系统，它们能够将所有传感器获取的信息及图像汇合并显示出来，供机组人员判断处理情况、与地面相关部门联络时使用。两名机组成员的座位前面，各设有4个15.2厘米大小的全彩色多功能显示屏，使情况显示一目了然。
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B-2A轰炸机的两个旋转弹架能携带16枚AGM-129型巡航导弹，也可携带80枚MK82型或16枚MK84型普通炸弹或36枚CBU-87型集束炸弹，使用新型的TSSM远程攻击弹药时携弹量为16枚。当使用核武器时可携带16枚B63型核炸弹。此外AGM-129型巡航导弹也可装载核弹头。2002年2月B-2增加了使用联合防区外空对地导弹JASSM的能力。
由于其先进性、保密性和可维护性的缘故，加上产量少、通货膨胀，B-2的造价是及其昂贵的。1978年制造厂商生产132架飞机的报价是366亿美元。到了1984年升至425亿美元，美国空军不得不减少订购数量。1987年美国空军决定只购买75架，但仍将要付出350亿美元的款项。1993年美国国会确定只采购20架B-2A，空军预付的研制费和厂家的开工制造费已涨到444亿美元。到了这个时候，即使不算研制费用，每架B-2的造价也达到8.4亿美元。1995年根据最后的合同规定，厂家以每年3架的生产速度制造出20架B-2A，每架飞机约合6亿美元。最终加上研制费用，购买一架B-2A的费用超过20亿美元！B-2的维护费用也是个无底洞。几年前刚装备部队时，各大公司的技术人员负责维护工作，每飞行小时的维护时间为132小时。每次飞行任务完成后，高速气流都会对机体表层造成磨损，导致隐身性能下降。因此每次飞行后技术人员都要用类似喷漆的方法对B-2A表层的雷达吸波材料进行维修，而新喷的吸波材料只有在一定的温度、湿度下才能干燥固化。这就对机库又提出了严格的要求，因此缺乏充足的配件和完善的维护设备的海外基地来说，是无法布置B-2A的。
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