从目前所收集到的证据看，日军参与屠杀的包括了日军第三师团、第九师团、第十六师团、第三舰队第十一战队等各个部队，而且作业娴熟，如果没有组织，令人难以置信。而是否松井下令，对改变南京大屠杀的性质毫无意义，那是日军自己的事情。
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第四种说法，的确发生了大屠杀，但属于合法的杀戮，即“屠杀合法论”。
日本方面还有一部分学者持“合法屠杀”说。屠杀还合法，在任何现代文明的理念上都是无法接受的事情，但的确有些日本学者从法理角度，试图证明南京大屠杀时，日军的屠杀是合法的。他们首先把南京大屠杀的受害者锁定在战俘之上，至于平民的遇害，则强调那是因为部分中国军队脱下军服混入平民，成为了“便衣兵”，为了搜索他们，日军才误杀平民。
而对于战俘的杀戮，在日本这些学者眼中，是合法的。如日本有名的右翼学者、亚细亚大学的东中野修道就这样描述——日军攻占南京时，卫戍司令唐生智逃走，部分中国士兵脱掉军装进入安全区。日军进入安全区搜捕这些“便衣兵”，并将他们集体处刑(屠杀)。“这种处刑是合法的，”东中野修道说，“战时国际法规定对于投降的士兵应该给与战俘的特殊待遇，保护其生命安全，但，这是指的‘穿军服，经过训练，并有指挥官管辖的战斗员’而已，指挥官逃亡，或没穿军装者，都不再享有这样的权利”(1996年8月7日《产经新闻》)。持与此近似的观点的还包括上智大学教授渡部升一、东京大学教授藤冈信胜等。他们认为，战前日本并没有批准《日内瓦条约》，因此不必遵守日内瓦条约禁止报复俘虏、禁止对俘虏的杀害、暴行、侮辱等条款。
而在日本签署过的有关国际条约1907年《海牙公约》中，第8条规定“俘虏应顺从所俘国军队的法规、命令，如有不服从情况，可以使用必要的严重手段进行惩处。”藤冈等人的看法是这个严重手段包括了进行处死的范围。
然而，这种说法明显是混淆视听。首先，南京大屠杀中大量遇害的并非军人；其次，所谓指挥官逃亡部下即不算战俘根本不成立，因为战斗中上下级失去联系的情况很多，这种情况下就不再认为失去联系的部队不再是军人十分荒唐；再次，所谓“便衣兵”指的是欧美国家对于平民游击队的概念，其先决条件是穿着便衣，对于其他国家军队有主动的攻击行为。这显然不符合南京战役中部分中国士兵为了逃命放下武器换上便衣进入安全区的情况，这是偷换概念；最后，《海牙公约》并没有允许处决俘虏的条款，相反，其附则第三条规定：须以人道原则对待俘虏；第二十三条规定：放下武器或者失去自卫手段者，乞求投降的敌军，不得加以杀害。而《日内瓦公约》日本虽然没有批准，但日本政府同时口头表示会尊重这一条约的条款，而1941年日本外相东乡茂德曾明确在对各国的照会中说明，战争中日本将“遵循《日内瓦条约》的规定”。
其实，若干日本学者的所谓研究，不过是文字游戏。无论有无条约规定，是否有法律管制，日军在南京大规模屠杀战俘和平民的行为，都是一种反人类的罪行。因为日军的行为违反了人类的基本准则，这才是南京大屠杀的真正罪恶所在，这根本不是任何法律条文可以改变的。
此外，日本还有“战争集体疯狂说”、“中国坚壁清野自行屠杀说”等若干对于南京大屠杀的解读观点。由于其影响小，亦不为日本正常公众所接受，故此不再详细介绍。
从日军史料看来，当时南京的中国人并非人人任其宰割。例如，《我所见的南京事件》作者奥宫正武在书中记载，12月23日或24日，有一个勇敢的中国人，持刀悄悄潜入日军三十六联队的士官宿舍，乘暗夜和日军警备松懈的机会，连续杀死多名日军。奥宫的纪录中，告诉他这件事的三十六联队士官称日军小队长级士官就被这个中国人杀死10人或11人。
虽然，日军为此进行了血腥的报复，但我依然为这位在日军兽行中不屈的中国人感到骄傲。即使在最黑暗的时候，我们的民族依然有血性的光芒闪烁。
这是唯一在研究南京大屠杀相关文献时让我感到欣慰的事情。
