军部的暗中支持进一步助长了日军的嚣张气焰。9月21日下午，驻朝日军司令官林铣十郎未经内阁批准和天皇裁可，以“对关东军不能坐视不救”为由，按早已达成的谅解，独断专行地派遣第6飞行联队战斗机和侦察机各一个中队飞往中国东北，并调动所辖步兵第39混成旅团渡过鸭绿江夜抵沈阳。关东军也立即抽调兵力进攻吉林省城，促成事态进一步扩大。
点击查看更多图片
《时代周刊》封面上的裕仁天皇
无论是关东军挑起战争，还是驻朝日军出兵东北，都没有经过天皇和内阁会议的批准。所以事件发生后，陆军高级首脑十分紧张，唯恐政府以“侵犯天皇统帅大权”为由弹劾朝鲜军司令官并拒绝拨款。但出乎陆军意料的是，鉴于驻朝日军出兵已成事实，本来与军部在控制满蒙问题上并无原则分歧的内阁大臣们在9月22日上午召开的内阁会议上，竟毫无疑义地一致通过了承认驻朝日军进入东北的既成事实，并作出增拨出兵经费的决定。可见，内阁根本不想为已经开始的军事行动设置任何障碍。
当晚，若槻首相、陆军大臣和参谋总长先后将内阁会议的决定上奏天皇，并得到了天皇批准。据当时担任内大臣秘书官长的木户幸一的日记记载：“陛下曾指示首相、陆相，称政府努力不使事件进一步扩大的方针很好，望继续努力。”同时，裕仁天皇根据内阁的奏请，以“不扩大事态”为条件批准了驻朝日军的越境行动。
就这样，驻朝日军的独断越境问题，以事后追认的方式而告结束。驻朝鲜司令官林铣十郎，还被誉为“越境将军”而获得“赫赫威名”，并受到天皇的赞赏，后来还受命组织内阁。这样一来，就给陆军造成了一种印象，那就是只要作出实际成绩，不管干什么事情都会得到天皇的厚待。也正因如此，这种事后承认的做法后来屡次发生，一直持续到太平洋战争。
发动九一八事变只是日军的第一期计划，尽管内阁和天皇都表明了“不扩大事态”的意见，但日本军部已决定利用这一机会“一举解决满蒙问题”。关东军下一步的计划是侵占以沈阳为中心的南满铁路和安奉路沿线的主要城市，以图牢固控制南满。9月19日，关东军攻下长春，日军独立守备第3和第4大队也先后于当天侵占了安东(今丹东)、营口、凤凰城。至此，南满铁路沿线已完全被日军占领。到9月23日，日军又相继攻陷了吉林、齐齐哈尔，这样，黑龙江省大部分地区沦入日军之手。
同年11月27日，本庄繁又下令关东军向锦州进犯。但关东军这次独断的行动，在国际上引起了强烈的反应，尤其是美国从维护在华利益的考虑出发，向日本提出了严重抗议。为了避免同美国发生直接冲突，日本参谋本部决定暂停对锦州的作战。次日，日军参谋本部把进攻锦州的部队撤回到了辽河以东。
12月中旬，日本政局发生了变化，若槻内阁倒台，犬养毅内阁成立。新任军部首脑支持关东军进占锦州，并增派了大批部队进驻中国东北。12月28日，关东军再度发起锦州战役，并于1932年1月3日攻占锦州。这样，山海关外的全部辽西地区也迅速为关东军所占领。而此时的裕仁天皇再次提出了“事态不扩大”的要求，并要求警戒关东军、朝鲜军的肆意行为，他对元老西园寺公望说：“现在军部不顾统一命令，肆意行动，干涉国政、外交，为此，我对国家颇感忧虑。”但在此后不久的1月8日，裕仁天皇却以最高统帅的身份，对关东军侵占东三省大片土地的“功绩”进行了确认和表彰：
